Comparando genes, proteínas e genomas (bioinformática III)

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Comparando genes, proteínas e genomas (bioinformática III)

Descrição

Prazos flexíveis

Prazos flexíveis
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Certificado compartilhável
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100% online
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Curso 3 de 7 no
Especialização da Bioinformática
Nível iniciante
Aproximadamente. 22 horas para concluir
Inglês
Legendas: árabe, francês, português (europeu), italiano, vietnamita, alemão, russo, inglês, espanhol

Pavel Pevzner
Professor
Departamento de Ciência da Computação e Engenharia
Phillip Compeau
Pesquisador visitante
Departamento de Ciência da Computação e Engenharia
Nikolay Vyahhi
Scholar visitante
Departamento de Ciência da Computação e Engenharia do Sablabus – O que você aprenderá com este curso
Semana 1: Introdução ao alinhamento de sequência
Bem -vindo à aula!
Se você se juntou a nós no curso anterior nesta especialização, se tornou um especialista em montando genomas e sequenciando antibióticos. A próxima pergunta natural a fazer é como comparar sequências de DNA e aminoácidos. Esta pergunta motivará a discussão desta semana sobre o alinhamento da sequência , que é a primeira das duas perguntas que faremos nesta classe (os métodos algorítmicos usados ​​para responder são mostrados entre parênteses):

  1. Como comparamos sequências de DNA? ( Programação dinâmica )
  2. Existem regiões frágeis no genoma humano? ( algoritmos combinatórios )

Como nos cursos anteriores, cada um desses dois capítulos é acompanhado por um desenho animado de bioinformática criado pelo talentoso artista Randall Christopher e serve como cabeçalho de capítulo na especialização’s best -seller imprimir companheiro . Você pode encontrar o desenho animado do primeiro capítulo na parte inferior desta mensagem. Por que os táxis de repente se tornaram gratuitos em Manhattan? Onde Pavel conseguiu muita mudança de reposição? E como você deve se vestir de manhã para que não esteja atrasado para o seu trabalho como um super-herói de parar o crime? Respostas a essas perguntas e muito mais na edição desta semana do curso.

Semana 2: Desde encontrar um caminho mais longo até alinhar as cordas de DNA
Bem -vindo à semana 2 da aula!

Semana 3: Tópicos avançados no alinhamento de sequência
Na semana passada, vimos como viajar pela Manhattan e fazer mudanças em uma loja romana nos ajude a encontrar uma subsequência mais comum de duas cordas de DNA ou proteína.

Nesta semana, estudaremos como encontrar um alinhamento de maior pontuação de duas cordas. Veremos que, independentemente das suposições subjacentes que fazemos sobre como as seqüências de strings devem ser alinhadas, poderemos expressar nosso problema de alinhamento como uma instância de encontrar o caminho mais longo em um gráfico acíclico direcionado.

Semana 4: rearranjos e fragilidade do genoma
Bem -vindo à semana 3 da aula!

Semana 5: Aplicando análise de rearranjo do genoma para encontrar fragilidade do genoma
Na semana passada, vimos como várias aplicações diferentes de alinhamento de sequência podem ser reduzidas a encontrar o caminho mais longo em um gráfico semelhante a Manhattan.

Nesta semana, concluiremos o capítulo atual, considerando alguns tópicos avançados no alinhamento de sequência. Por exemplo, se precisarmos alinhar seqüências longas, nosso algoritmo atual consumirá uma enorme quantidade de memória. Podemos encontrar uma abordagem mais eficiente de memória? E o que devemos fazer quando passarmos do alinhamento de apenas duas cordas por vez para alinhar muitas cordas?

Semana 6: desafio de aplicativos de bioinformática
Bem -vindo à semana 4 da aula!

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